・ClickOnceでのメニュー統合やシングルサインオンの実現が難しい
・配布に使用するWebページをカスタマイズする機能がない
・レジストリへの登録ができない
・すべてのユーザーへのインストールができない
・インストール場所の指定ができない
・GACへのインストールができない
・Active Directory や COM+ のようなシステムレベルのサービスの構成を必要とする場合は不可
・ブラウザは基本的にはIE（回避策はあり）
・大規模なアプリケーションの配布には不向きであること
メリットは
・自動更新・強制更新が可能
・ロールバックができる (あまり利用することはないと思うが)
色々と調査してみた結果、単体で動作するアプリケーションや
小規模のシステムにおいてブラウザでのUIに代わるものとして使用するのが適しているような気がする。
ClickOnceアプリ間の連携が複雑になりそうなので大規模アプリケーションには不向きっぽい。
参考↓
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms973805.aspx
http://blogs.yahoo.co.jp/ogiwara_hsk/11615345.html
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/ja-JP/vsgeneralja/thread/7bae290b-d80c-4027-b51c-4e9fecec5f3a/
